電子レンジで使われているマイクロ波も遠赤外線と同じ電磁波で、遠赤外線よりもその波長が長く同じように物質を温めることに利用されていますが、マイクロ波による加熱は分子の摩擦によって生じる熱を利用したもので、素材の組成変化や細胞破壊を引き起こす場合があります。電子レンジで長時間肉を一温めるとパサパサした食感になります。これは分子の結合が壊されたためです。これに対して、遠赤外線加熱は分子の振動による加熱で、組成変化を起こしにくく旨味と栄養素を壊さずに、引き立てると言われています。

電子レンジではマイクロ波が物体の表面から7ｃｍまで届くため表面より内部を早くあたためます。しかし水分過熱を利用しているため焼くことが出来ません。